設定ファイルは、`user/config` フォルダに置くのがお薦め

themes と、plugins 設置場所は以下のフォルダにおくことで、設定をオーバーライドできます。

user/config/themes
user/config/plugins

これにより、アップデートに伴うファイル上書き更新の影響を受けなくなります。