/user/plugins/(your-plugin)/templates フォルダに置いてあるテンプレートは、plugin をアップデートすると上書きされてしまう可能性が高いので、標準のテンプレートを変更したい場合は、オーバライドできる場所に置くのが良いと思います。
具体的な置き場所は、以下が推奨されています。
/user/themes/(your-theme)/templates(your-theme) は、/config/system.yaml で指定したテーマを指定します。
pages:
type: regular
theme: (your-theme) // << ここで指定した値が (your-theme) として使われます。